Una de les àrees en les quals l'Institut de la Dona desenvolupa la seva tasca és en la promoció de la transversalitat del principi d'igualtat entre dones i homes en tots els àmbits de l'Administració pública. En aquest sentit, i en compliment de la Llei d'igualtat, l'Institut executa el Programa de mainstreaming de gènere, que té com a objectiu principal incorporar la transversalitat de gènere en els diferents àmbits d'intervenció de les polítiques públiques, en particular, a través de l'assessorament als centres directius de l'Administració general de l'Estat, l'autoritat de gestió del Fons Social Europeu i a altres tipus d'organismes com, per exemple, xarxes transnacionals i comunitats autònomes. Aquest Programa és cofinançat pel Fons Social Europeu.
Segons el Consell d'Europa de 1998, la transversalitat de gènere, també coneguda per la seva denominació en anglès mainstreaming de gènere és: “la (re)organització, millora, desenvolupament i avaluació dels processos polítics per incorporar-hi, per part dels actors involucrats normalment en aquests processos, una perspectiva d'igualtat de gènere en tots els àmbits i fases de totes les polítiques”.
La transversalitat de gènere és una estratègia eficaç per avançar en la consecució de la igualtat entre dones i homes en les polítiques públiques i suposa contribuir a eliminar desigualtats de gènere, corregir procediments i mètodes de treball i impulsar tendències de canvi social. No es tracta d'una aplicació esporàdica de mesures puntuals, sinó de l'aplicació de polítiques transversals de gènere que suposin un canvi estructural i social.
Tot i que l'estratègia de la transversalitat es recull en diferents normes, nacionals i internacionals, la referència fonamental en l'àmbit nacional és, sens dubte, la LO 3/2007, per a la igualtat efectiva entre dones i homes, la qual estableix a l'article 15: “El principi d'igualtat de tracte i oportunitats entre dones i homes ha d'informar, amb caràcter transversal, l'actuació de tots els poders públics. Les administracions públiques l'han d'integrar, de manera activa, en l'adopció i execució de les disposicions normatives, en la definició i pressupostació de polítiques públiques en tots els àmbits i en el desenvolupament del conjunt de totes les activitats”.
En aquest sentit, el Programa de mainstreaming de gènere planteja una sèrie d'actuacions articulades entorn d'una sèrie d'objectius específics que pretenen: