Emakumearen Erakundeak emakumeen eta gizonen arteko berdintasun-printzipioaren zeharkakotasuna sustatzen du, administrazio publikoaren maila guztietan. Hori horrela, Berdintasun Legea betez, Erakundeak "Generoko mainstreaming programa" gauzatzen du, eta helburu nagusia da genero-zeharkakotasuna sartzea politika publikoen esku-hartzeen esparruetan, bereziki Estatuaren Administrazio Orokorraren zuzendaritza-zentroei eta bestelako erakundeei aholkatuz, hala nola nazioz haraindiko sareei eta autonomia-erkidegoei. Programa hau Europako Gizarte Funtsak finantzatzen du.
1998ko Europako Batzordearen arabera, genero-zeharkakotasuna, ingelesez "generoko mainstreaming" esaten zaiona, hau da: "prozesu politikoak berrantolatzea, hobetzea, garatzea eta ebaluatzea, normalean prozesu horietan parte hartzen duten eragileek genero-berdintasuneko ikuspegi bat izan dezaten maila guztietan eta politika guztien faseetan".
Genero-zeharkakotasuna estrategia eraginkorra da emakumeen eta gizonen arteko berdintasuna lortzeko politika publikoetan, eta genero-desberdintasunak ezabatzen, lan-prozedura eta -metodoak zuzentzen eta gizarte-aldaketako joerak bultzatzen laguntzea dakar. Ez da neurri puntualen noizbehinkako aplikazioa; egitura- eta gizarte-aldaketa ekartzen duten zeharkako genero-politiken aplikazioa baizik.
Zeharkakotasunaren estrategia hainbat arau nazional eta nazioarteko arautan jasotzen bada ere, esparru nazionalean, funtsezko erreferentzia, Emakumeen eta Gizonen arteko Berdintasunerako 3/2007 Lege Organikoa da zalantzarik gabe, 15. artikuluan hauxe xedatzen duena: "Emakumeen eta gizonen arteko tratu- eta aukera-berdintasunaren printzipioak Botere Publiko guztien jardueren berri emango du, zeharka. Administrazio publikoek xedapen arau-emaileak hartzea eta gauzatzean, esparru guztietan politika publikoak definitzean eta aurreikustean eta jarduera guztiak garatzean erabiliko dute, modu aktiboan".
Hori horrela, "Generoko mainstreaming programak" zenbait jarduera proposatzen ditu berariazko objektu batzuen inguruan. Xedea hau da: